Son funciones de la Subdirección Administrativa y Financiera, las siguientes:
1. Proponer a la Secretaría General la adopción de políticas, objetivos y estrategias relacionadas con la administración de recursos físicos y financieros de la entidad.
2. Participar en elaboración del anteproyecto de presupuesto de la Agencia.
3. Elaborar el programa de anual caja (PAC), de acuerdo con las normas legales vigentes y las políticas establecidas por Ministerio de Hacienda y Público y solicitar el PAC mensual.
4. Distribuir el presupuesto de funcionamiento, coordinar y controlar la elaboración y trámite de las solicitudes de adición, modificación y traslados presupuestales, de conformidad con el Estatuto orgánico de Presupuesto y las normas que lo reglamenten.
5. Controlar la ejecución del presupuesto, expedir los certificados de disponibilidad presupuestal, los registros presupuestales y efectuar los demás trámites presupuestales que le correspondan para desarrollo de las funciones de la Agencia, de conformidad con el Estatuto orgánico de Presupuesto y las normas que lo reglamenten.
6. Llevar la contabilidad general de acuerdo con normas legales y elaborar los estados financieros.
7. Preparar boletines los informes y documentos que se requieran para la rendición y externas.
8. Coordinar y controlar manejo de las cuentas bancarias, encargos fiduciarios y cajas menores que se creen en la entidad y efectuar las operaciones relacionadas con el manejo de los recursos financieros, velando porque se inviertan en condiciones que garanticen liquidez, seguridad y rentabilidad.
9. Adelantar los registros en el SIIF y velar por su correcta aplicación.
10. Responder por la presentación oportuna de las declaraciones sobre información tributaria que solicite la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales -DIAN.
11. Elaborar los informes de ejecución presupuestal, financiera y contable requeridos por la entidad, Contaduría General la Nación, el Ministerio de Hacienda y Crédito Público y los organismos de control.
12. Ejecutar y supervisar los procedimientos de adquisición, almacenamiento, custodia, mantenimiento y distribución de los bienes necesarios para el buen funcionamiento de la entidad.
13. Desarrollar y administrar los servicios y operaciones administrativas de servicios generales, almacén e inventarios de la entidad.
14. Dirigir, coordinar, controlar y evaluar las actividades relacionadas con los proveedores y la adquisición de bienes y servicios.
15. Garantizar el aseguramiento y protección los bienes patrimoniales de la entidad.
16. Coordinar la prestación de los servicios de apoyo logístico a las diferentes dependencias de la entidad.
17. Realizar inventario de bienes inmuebles, muebles y vehículos, y mantenerlo actualizado.
18. Contabilizar los ingresos y egresos de bienes devolutivos y consumo.
19. Elaborar los estudios previos y de mercado necesarios para realizar la contratación requerida.
20. Administrar la gestión de archivo y correspondencia de todos los procesos y áreas de la entidad. 21 .Apoyar el desarrollo y sostenimiento del Sistema Integrado de Gestión Institucional.
22. Las demás que se le asignen y que correspondan a la naturaleza de la dependencia.