La designación y confirmación del Secretario Ejecutivo se hará en los términos previstos en el Acto Legislativo número 01 de 2017, y en el Decreto número 587 de 5 de abril de 2017 desempeñará el cargo durante el periodo que se establezca en el Reglamento de la Jurisdicción Especial para la Paz, pudiendo ser reelegido. Si durante la vigencia de la JEP fuere necesario designar un nuevo Secretario Ejecutivo, por renuncia, muerte o decisión judicial, este será elegido por la mayoría de los Magistrados del Tribunal para la Paz.
La Secretaría Ejecutiva se encargará de la administración y ejecución de los recursos bajo la orientación de la presidencia o de la instancia de gobierno de la JEP, estará enfocada en la organización de los mismos para el logro de los objetivos establecidos para la JEP y en la ejecución centralizada de procesos de adquisición de bienes y servicios, gestión del talento humano, logística, gestión tecnológica, gestión financiera, entre otros.
El Secretario Ejecutivo se encuentra sometido al régimen ordinario de responsabilidad fiscal, disciplinaria y penal de los funcionarios públicos.