La Junta Directiva del Fondo tendrá las siguientes funciones:
Trazar las políticas generales para garantizar el cumplimiento de los fines y objetivos del Fondo, estableciendo prioridades de corto, mediano y largo plazo;
Aprobar el plan anual de inversiones y gastos y los traslados presupuestales presentados a su consideración por la entidad administradora, con el voto favorable del Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural;
Aprobar los contratos de asociación, cofinanciación, o de cualquier otra índole que, para el cumplimiento de los fines y objetivos del Fondo, proponga celebrar la entidad administradora;
Velar por la correcta y eficiente gestión del Fondo por parte de la entidad administradora;
Establecer mecanismos apropiados para garantizar la democratización en la representación y en el manejo de los recursos parafiscales;
Las demás que le son inherentes a su calidad de máximo órgano directivo del Fondo, y las que se le asignen en las normas legales vigentes y en el contrato especial de administración del Fondo y recaudo de la cuota;
Darse su propio reglamento.