Subdirección de Operación Marítima. Son funciones de la Subdirección de Operación Marítima las siguientes
Aplicar la regulación del transporte marítimo expedida por la Comisión de Regulación del Transporte o la instancia pertinente.
Ejecutar la política del Gobierno Nacional en materia de transporte marítimo y su infraestructura.
Fijar, con base en la metodología señalada en los Planes de Expansión Portuaria, las contraprestaciones que deben pagar quienes se beneficien con las concesiones o licencias portuarias.
Ejecutar los planes y programas sobre encauzamiento, dragado y conservación de los puertos públicos a cargo de la Nación.
Controlar la ejecución de las obras de beneficio común a las que se refiere el artículo 4 de la Ley 1º de 1991 aprobadas por el Ministerio de Transporte.
Resolver las controversias que surjan con motivo de la realización de las obras para el beneficio común a que se refiere el numeral anterior.
Declarar que un puerto está habilitado para el comercio exterior; para ello debe consultar previamente el concepto de la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales del Ministerio de Hacienda y Crédito Público, y de la Dirección General Marítima del Ministerio de Defensa Nacional.
Ejercer las funciones que correspondían a Puertos de Colombia en materia de tasas, tarifas y contribuciones respecto de aquellas personas que habían recibido antes de la vigencia de la Ley 1º de 1991 cualquier clase de autorización para ocupar y usar las playas y zonas de bajamar con construcciones destinadas en forma mediata o inmediata al cargue y descargue de naves.
Exigir garantías que deban otorgar quienes adelanten actividades portuarias acerca del cumplimiento de la ley, los reglamentos y las condiciones técnicas de operación, declarar mediante resolución motivada su exigibilidad y hacerlas efectivas.
Presentar a consideración del Director General de Transporte Marítimo, en el mes de diciembre de cada año, una evaluación relacionada con el cumplimiento de los objetivos propuestos y un programa anual de actividades a desarrollar por el área de su competencia en el año inmediatamente siguiente.
Las demás que les sean asignadas y que correspondan a la naturaleza de la dependencia.