º. Dependencias. La estructura orgánica del Ministerio está conformada por las siguientes Dependencias
Despacho del Ministro. 1.1 Secretaría Privada. 1.2 Oficina Jurídica. 1.3 Oficina de Apoyo Legislativo y Coordinación Institucional. 1.4 Oficina de Comunicaciones. 1.5 Oficina de Control Interno. 1.6 Oficina de Veeduría.
Despacho del Viceministro. 2.1 Dirección General de Planeación. 2.2 Dirección de Análisis y Política Sectorial. 2.3 Dirección de Estudios Económicos e Inversión Pública. 2.4 Dirección de Recursos Humanos. 2.5 Dirección de Sistemas de Información. 2.6 Dirección de Desarrollo Científico y Tecnológico. 2.7 Dirección de Cooperación Internacional. 2.8 Dirección de Presupuestación y Control de Gestión.
Secretaría General. 3.1 Oficina de Contratación e Interventoría. 3.2 Dirección Administrativa y Financiera. 3.2.1 División Financiera. 3.2.2 División de Almacenes. 3.2.3 División de Servicios Generales. 3.2.4 División de Desarrollo de Personal.
Dirección General de Gestión Financiera. 4.1. Subdirección Fondo de Solidaridad y Garantía 4.2 Subdirección de Gestión de Crédito Externo.
Dirección General de Seguridad Social. 5.1 Subdirección de Entidades Promotoras de Salud. 5.2 Subdirección del Régimen Subsidiado. 5.3 Subdirección de Salud Ocupacional.
Dirección General de Descentralización y Desarrollo Territorial 6.1 Subdirección de Politícas de Descentralización. 6.2 Subdirección de Asistencia a Entidades Territoriales. 6.3. Subdirección de Participación Social.
Dirección General de Promoción y Prevención. 7.1 Oficina de Epidemiología. 7.2 Subdirección de Acciones Prioritarias en Salud. 7.3 Subdirección de Promoción. 7.4 Subdirección de Prevención. 7.5 Subdirección de Ambiente y Salud. 7.6 Unidad Administrativa Especial de Campañas Directas.
Dirección General para el Desarrollo de Servicios de Salud. 8.1 Subdirección de Urgencias, Emergencias y Desastres. 8.2 Subdirección de Instituciones Prestadoras de Servicios de Salud. 8.3 Subdirección de Servicios Farmacéuticos y de Laboratorios. 8.4 Subdirección de Gestión de Servicios de Salud. 8.4.1 División de Registro y Acreditación de Instituciones. 8.4.2 División de Atención a la Comunidad.
Organismos colegiados. 9.1 Consejo Nacional de Seguridad Social en Salud. 9.2 Consejo Nacional de Direcciones Seccionales de Salud. 9.3 Consejo Nacional de Planeación en Salud. 9.4 Comité Ejecutivo del Ministerio. 9.5 Comité de Gabinete del Ministerio. 9.6 Consejo Administrador del Fondo Nacional del Pasivo Prestacional del sector Salud. 9.7 Comité Nacional para la Protección del Menor Deficiente. 9.8 Comisión de Personal. 9.9 Comisión Consultiva.