A la terminación de las hostilidades la amnistía para los rebeldes únicamente estará condicionada a la finalización de la rebelión de las respectivas organizaciones armadas y al cumplimiento de lo establecido en el Acuerdo Final, sin perjuicio de lo dispuesto en el inciso 1° y el parágrafo 2° del artículo 40 de esta ley. La finalización de la rebelión a efecto de acceder a la amnistía o indulto, se apreciará conforme a lo definido en el Acuerdo Final.
Los delitos no amnistiables ni indultables deben ser objeto de la JEP.
Se aplicará el artículo 6.5 del Protocolo II de los Convenios de Ginebra, del cual Colombia es Estado Parte, el cual dispone lo siguiente: “A la cesación de las hostilidades, las autoridades en el poder procurarán conceder la amnistía más amplia posible a las personas que hayan tomado parte en el conflicto armado o que se encuentren privadas de libertad, internadas o detenidas por motivos relacionados con el conflicto armado”.
Conforme a la anterior disposición, se amnistiarán e indultarán los delitos políticos y conexos cometidos en el desarrollo de la rebelión por las personas que formen parte de los grupos rebeldes con los cuales se firme un acuerdo de paz. Respetando, lo establecido en el Acuerdo Final, en la Ley 1820 de 30 de diciembre de 2016, y en la presente ley, para la aplicación de la amnistía se tendrán en cuenta de manera clara y precisa los delitos amnistiables o indultables y los criterios de conexidad. La pertenencia al grupo rebelde será determinada, previa entrega de un listado por dicho grupo, conforme a lo que se estableció entre las partes para su verificación en el Acuerdo Final. Entre los delitos políticos y conexos se incluyen todos los indicados como, tales en la Ley 1820 de 30 de diciembre de 2016, además de otros delitos que la Sala de Amnistía e Indulto considere conexos al delito político.