Para el desarrollo de sus funciones la Agencia de Desarrollo Rural, tendrá la siguiente estructura:
1. CONSEJO DIRECTIVO
2. PRESIDENCIA 2.1. Oficina Jurídica 2.2. Oficina de Planeación 2.3. Oficina de Comunicaciones 2.4. Oficina de Tecnologías de la Información 2.5. Oficina de Control Interno
3. VICEPRESIDENCIA DE INTEGRACIÓN PRODUCTIVA 3.1. Dirección de Asistencia Técnica 3.2. Dirección de Acceso a Activos Productivos 3.3. Dirección de Adecuación de Tierras 3.4. Dirección de Comercialización 3.5. Unidades Técnicas Territoriales
4. VICEPRESIDENCIA DE PROYECTOS 4.1. Dirección de Calificación y Financiación 4.2. Dirección de Seguimiento y Control 4.3. Dirección de Participación y Asociatividad
5. VICEPRESIDENCIA DE GESTIÓN CONTRACTUAL
6. SECRETARIA GENERAL 6.1. Dirección Administrativa y Financiera 6.2. Dirección de Talento Humano
7. ÓRGANOS DE ASESORÍA Y COORDINACIÓN 7.1. Comisión de personal 7.2. Comité de coordinación del sistema de control interno