En toda actuación del componente de justicia del SIVJRN se tomarán en cuenta como ejes centrales los derechos de las víctimas y la gravedad del sufrimiento infligido por las graves infracciones al Derecho Internacional Humanitario y las graves violaciones a los Derechos Humanos ocurridas durante el conflicto. Deberá repararse el daño causado y restaurarse cuando sea posible.
Por lo anterior, uno de los principios orientadores de la JEP será la aplicación de una justicia restaurativa que preferentemente busca la restauración del daño causado y la reparación de las víctimas afectadas por el conflicto, especialmente para acabar la situación de exclusión social que les haya provocado la victimización. La justicia restaurativa atiende prioritariamente las necesidades y la dignidad de las víctimas y se aplica con un enfoque integral que garantiza la justicia, la verdad y la no repetición de lo ocurrido.
Las consecuencias de tales violaciones son más graves cuando son cometidas contra mujeres o cuando se trata de víctimas pertenecientes a los grupos más vulnerables, o sujetos de especial protección constitucional, que merecen una reparación y protección especial, entre ellas, los pueblos indígenas, las comunidades afrodescendientes y otros grupos étnicamente diferenciados, las comunidades religiosas, los campesinos, los más pobres, las personas en condición de discapacidad, las personas desplazadas y refugiadas, las niñas, niños y adolescentes, la población LGBTI y las personas de la tercera edad.