El Tribunal para la Paz tendrá distintas Secciones.
Tendrá una Sección de primera instancia en caso de reconocimiento de Verdad y responsabilidad, que proferirá sentencias.
Tendrá otra Sección de Primera Instancia para casos de ausencia de reconocimiento de Verdad y responsabilidad, donde se celebrarán juicios contradictorios y se proferirán sentencias, bien absolutorias o bien condenatorias. En este caso, se impondrán las sanciones ordinarias o alternativas que correspondan.
Tendrá otra Sección de revisión de sentencias, con la función de revisar las proferidas por la justicia, de conformidad con lo establecido en el artículo 97 de esta ley. A petición del sancionado, recibirá los casos ya juzgados por órganos jurisdiccionales o sancionados por la Procuraduría o la Contrataría, siempre que no vayan a ser objeto de amnistía o indulto. Ejercerá cualquier otra función establecida expresamente en esta ley.
Tendrá también una Sección de Apelación para decidir las impugnaciones de las sentencias proferidas por cualquiera de las secciones de primera instancia. En segunda instancia no se podrá agravar la condena cuando el único apelante sea el sancionado.
Después de que el Tribunal para la Paz haya concluido sus funciones, el Reglamento de la Jurisdicción establecerá un mecanismo para la integración de una Sección del mismo cuya función principal será garantizar la estabilidad y eficacia de las Resoluciones y Sentencias adoptadas por la JEP, así como su cumplimiento.