Además de las funciones que les asigne el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, los Consejos de Programa Nacionales tendrán las siguientes
Aprobar las políticas de investigación, fomento, información, comunicación, capacitación, regionalización, promoción y financiación del programa, dentro de las directrices fijadas por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.
Orientar, previo un amplio proceso de consulta a nivel regional y nacional, la elaboración de los planes del programa y aprobarlos.
Promover la consecución de recursos públicos y privados para el programa y asignarlos entre los distintos proyectos de investigación, transferencia, apropiación y demás actividades, previo estudio evaluativo de su calidad adelantado por la secretaría técnica y administrativa del programa.
Responder por la adecuada ejecución del programa.
Integrar comités científicos asesores del programa, comités regionales del programa y otros que considere convenientes.
Designar cuando lo considere conveniente el gestor del programa y definir sus atribuciones.
Definir responsables de la ejecución, seguimiento y evaluación de los proyectos y actividades del programa.
Elegir de su seno a su presidente.
Adoptar su propio reglamento.