La dirección y administración del Archivo General de la Nación, estará a cargo de la Junta Directiva y del Director General. El Director General será agente del Presidente de la República y ejercerá la representación legal de la entidad.
Para ser Director del Archivo General de la Nación se requiere ser colombiano de nacimiento, tener título profesional y diploma de postgrado en archivística, ciencias sociales, ciencias de la información, sistemas o disciplinas afines o ser administrador público y tener una experiencia relacionada con el área, de tres años.