Son funciones de la Sección de Asuntos Especiales:
Participar en trabajos geodésicos y cartográficos;
Adelantar investigaciones con las diferentes entidades nacionales e internacionales con el objeto de obtener información jurídica, histórica y geográfica sobre las zonas fronterizas;
Preparar y someter a la consideración del Subsecretario los proyectos de publicaciones sobre los asuntos afines con las funciones de la Subsecretaría y controlar su publicación y distribución;
Preparar proyectos de mapas y cartas que contemplen las fronteras nacionales y las áreas de dominio marítimo y fluvial de la República;
Elaborar modelos tridimensionales basados en cartas topográficas;
Realizar los diferentes mapas cartográficos, topográficos, batimétricos, e hipsométricos;
Participar en la construcción de trochas e hitos y efectuar la medición de áreas fronterizas, terrestres, fluviales y marítimas;
Las demás que le asigne el Ministro.