Son funciones de la Comisión Nacional las siguientes:
Elaborar y aprobar su reglamento interno.
Crear un comité técnico asesor, cuando sea pertinente, definirle sus funciones, su conformación y dictar su reglamento interno.
Orientar la ejecución de los proyectos del Programa Nacional de Prevención, Mitigación, Erradicación, Contención y Renovación de la Pudrición del Cogollo y la Marchitez Letal en la palma de aceite y sus modificaciones.
Llevar a cabo el seguimiento a la ejecución del presupuesto de inversión del Programa Nacional de Prevención, Mitigación, Erradicación, Contención y Renovación de la Pudrición del Cogollo y la Marchitez Letal en la palma de aceite.
Recomendar los programas regionales de Prevención, Mitigación, Erradicación, Contención y Renovación de la Pudrición del Cogollo y la Marchitez Letal en la palma de aceite, según su pertinencia.
Diseñar y poner en funcionamiento el plan de seguimiento y evaluación de los programas regionales.
Recomendar la regulación relacionada con la gestión para mantener las áreas libres de la Pudrición del Cogollo y la Marchitez Letal en la palma de aceite.
Promover todas las acciones de contención de la enfermedad en áreas afectadas y de prevención de la enfermedad en áreas libres de la Pudrición del Cogollo y la Marchitez Letal en la palma de aceite.
Recomendar el establecimiento de puestos de control fitosanitarios.
Las demás que sean necesarias para el logro de sus objetivos.