El Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible con participación de las Corporaciones Autónomas Regionales y entidades competentes, en conjunto con los Institutos de Investigación e Información Ambiental Invemar, de Investigaciones Ambientales del Pacífico (IIAP), Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI, Humboldt, entes consultivos que se requieran, el Ministerio de Transporte y la Aeronáutica Civil conforme con sus competencias, en un plazo no mayor a un (1) año contado a partir de la vigencia de la presente ley, deberán reglamentar protocolos que contengan las condiciones mínimas sanitarias y de los espacios adecuados de transporte para fauna silvestre en términos de: área mínima requerida, dimensiones del contenedor, guacal y/o jaula, aireación, luminosidad, humedad, temperatura, tiempo máximo de los desplazamientos, tránsito de personas, ruidos y olores, y el acompañamiento del personal técnico necesario para la atención veterinaria, biológica y nutricional, de tal manera que se garantice la seguridad e integridad de la fauna transportada bajo un manejo bioético adecuado. Estos aspectos se adecuarán según los requerimientos de cada especie.
Así mismo, en la reglamentación serán consideradas las Directrices de la CITES para el transporte no aéreo de fauna silvestre, su modificación, o sustitución. Así como las demás disposiciones contenidas en la presente ley.
En la reglamentación se concertará con la Fuerza Aérea Colombiana, la Armada y el Ministerio de Defensa el mecanismo para definir las frecuencias y destinos de traslado de la fauna silvestre rescatada, a liberar o reubicar, especialmente en aquellos lugares que no tienen transporte comercial o en las situaciones que la autoridad ambiental requiera el traslado inmediato.
Para el caso del transporte aéreo la reglamentación tendrá en cuenta disposiciones tales como: el transporte de animales vivos definidas en la Reglamentación para el Transporte de Animales Vivos (LAR, por sus siglas en inglés) establecidas por la Asociación Internacional de· Transporte Aéreo (IATA), así como las disposiciones de seguridad en esta materia establecidas por la Organización internacional de .Aviación Civil (OACI), incluyendo las consideraciones definidas por la Convención CITES sobre transporte de especímenes vivos o aquellos que los modifique o sustituya.