Corresponde a la Junta Directiva determinar la organización interna del Instituto para lo cual el Gerente General presentará para su aprobación los correspondientes proyectos teniendo en cuenta que la nomenclatura se ajustará a las siguientes normas:
Las unidades de nivel directivo se denominarán subgerencias.
Las unidades que cumplen funciones de asesoría o coordinación, Oficinas o Comités y cuando incluyan personas ajenas al Instituto se denominarán Consejos, con excepción del Sistema de Información Ambiental.
Las unidades operativas, incluidas las que atienden los servicios administrativos internos, se denominarán Divisiones o Secciones y Grupos, excepcionalmente en razón de la magnitud y naturaleza del trabajo podrán crearse direcciones Generales integradas a su vez con Divisiones y Seccionales y Grupos.
Las unidades que se creen para el estudio o decisión de asuntos especiales se denominarán Comisiones o Juntas.
Las unidades o dependencias regionales, se denominarán gerencias Regionales, o Jefaturas de Area, o Jefaturas de Distrito, o Jefaturas Seccionales, o Jefaturas de Proyecto y por reglamentación interna se delimitará su jurisdicción territorial y se establecerá su subordinación dentro del Instituto. Estas unidades podrán no coincidir con la división de los Departamentos y demás entidades territoriales y se buscará la coordinación e integración de sus actividades cuando se trate de servicios similares.