En razón de su régimen especial el Consejo Superior de la Universidad Militar Nueva Granada es el máximo organismo de dirección de la Universidad y está integrado por:
El Ministro de Defensa o el Viceministro, quien lo presidirá;
El Ministro de Educación Nacional o su delegado;
El Comandante de las Fuerzas Militares o el Jefe del Estado Mayor Conjunto de la Fuerzas Militares;
El Director de la Escuela Superior de Guerra;
El Director de la Escuela Militar de Cadetes José María Córdova;
Un delegado designado por el presidente de la República que haya tenido vínculos con el sector Universitario o de Defensa;
Un representante de las directivas académicas;
Un representante de los docentes;
Un representante de los estudiantes;
Un representante de los egresados;
Un ex Rector de la Universidad Militar.
El Rector de la Universidad Militar asistirá a las reuniones del Consejo Superior con voz pero sin voto y el Vicerrector General de la Universidad actuará como Secretario del Consejo.
El Consejo Superior Universitario reglamentará entre otros asuntos, las calidades, elección, período de permanencia, derechos, obligaciones, inhabilidades e incompatibilidades de los miembros contemplados en los literales g), h), i), j) y k).
En ausencia del Ministro de Defensa y del Viceministro de Defensa, los miembros del Consejo Superior Universitario presentes y que constituyan quórum, podrán designar un Presidente ad hoc para dirigir la respectiva reunión.