Para el cumplimiento de sus funciones, el Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses tiene la siguiente organización básica
Junta Directiva.
Dirección General del Instituto. 2.1. Oficina de Control Interno. 2.2. Oficina de Planeación. 2.3. Oficina Jurídica.
Secretaría General 3.1 Oficina de Personal.
Subdirección de Investigación Científica.
Subdirección de Servicios Forenses.
Subdirección Administrativa y Financiera.
Direcciones Regionales
Direcciones Seccionales. 8.1 Unidades Locales.
En la ciudad sede de cada Dirección Seccional de Fiscalía habrá una Dirección Regional o Seccional del Instituto de Medicina Legal y Ciencias Forenses.