Como órgano de dirección del Fondo Nacional de Fomento Hortifrutícola actuará una Junta Directiva integrada por
El Ministro de Agricultura o su delegado quien lo presidirá.
Dos representantes de las asociaciones de pequeños productores de frutas y hortalizas elegidos por la respectiva asociación gremial con personería jurídica vigente.
Un representante del Comité de Exportadores de Frutas de Analdex.
Un Secretario de Agricultura Departamental o su delegado, elegido por el encuentro de Secretarios de Agricultura Departamentales.
Un representante de la Asociación Colombiana de Estudios Vegetales.
Un representante de la Asociación Colombiana de Ingenieros Agrónomos, ACIA.
Dos representantes de la Asociación Hortifrutícola de Colombia, Asohofrucol.