Instancias de gobernanza del orden nacional del Sistema. Son instancias del orden nacional del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación las siguientes
Consejo Nacional de Política de Ciencia, Tecnología e Innovación (CONACTI). Instancia de pensamiento estratégico del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación-SNCTI, encargada de asesorar sobre la política de Estado de ciencia, tecnología e innovación, así como de recomendar los lineamientos requeridos para orientar el diseño de actividades de ciencia, tecnología e innovación para impulsar el desarrollo sostenible y la consolidación de la sociedad del conocimiento.
Consejo Científico Nacional (CCN). Instancia encargada de asesorar al Gobierno nacional sobre temáticas coyunturales o estructurales de interés, proporcionando recomendaciones desde la ciencia, tecnología e innovación.
Consejo Nacional de Bioética (CNB). Organismo asesor y consultivo del Gobierno Nacional, que propenderá por establecer un diálogo interdisciplinario para formular, articular y resolver los dilemas que plantea la investigación y la intervención sobre la vida, la salud y el medio ambiente, así como la construcción e implementación de políticas en los asuntos referentes a la Bioética, de conformidad con lo establecido en la Ley 1374 de 2010 o aquellas que la modifiquen, subroguen o reglamenten.
Consejo Nacional de Beneficios Tributarios en Ciencia, Tecnología e Innovación (CNBT). Organismo encargado de las funciones relacionadas con los beneficios tributarios en ciencia, tecnología e innovación, de conformidad con lo dispuesto en el artículo 31 de la Ley 1286 de 2009 o aquellas que la modifiquen, subroguen o reglamenten.
Órgano Colegiado de Administración y Decisión de Ciencia, Tecnología e Innovación (OCAD). Instancia a cargo de la aprobación de los términos de referencia de las convocatorias públicas, abiertas y competitivas, y de la viabilidad, priorización y aprobación de los proyectos de inversión de la asignación para la Ciencia, Tecnología e Innovación del Sistema General de Regalías, establecida en el artículo 361 de la Constitución Política y de conformidad con lo dispuesto en la Ley 2056 de 2020 o aquellas que la modifiquen, subroguen o reglamenten.
Comités Técnicos de Ciencia, Tecnología e Innovación. Los Comités Técnicos son instancias técnicas creadas por el Consejo Nacional de Política de Ciencia, Tecnología e Innovación (CONACTI), los cuales se encargan de desarrollar un plan de acción detallado para mejorar la ciencia, la tecnología y la innovación del país en sus áreas temáticas de competencia.