Son funciones de la Subdirección de Investigación y Represión del Contrabando
Programar, dirigir y controlar las labores de prevención, represión y aprehensión del contrabando en todo el país, comunicando al Director General los resultados de sus actividades;
Determinar las operaciones aéreas y marítimas en el país, para la prevención y represión del contrabando;
Coordinar sus labores con autoridades y organismos estatales cuando así se requiera;
Coordinar y orientar los programas generales de los actividades de las Divisiones de Resguardo de las Administraciones de Aduana;
Llevar el control del equipo y armamento y remitir la documentación correspondiente al Ministerio de Defensa;
Elaborar el Plan de Actividades de la Subdirección para aprobación del Director General.