El presupuesto de la Unidad Administrativa Especial de Planeación Minero-Energética hará parte del presupuesto general de la Nación y será presentado al Ministerio de Minas y Energía para su incorporación en el mismo, su distribución anual se hará mediante resolución expedida por el Ministerio de Minas y Energía y refrendada por el Director General de Presupuesto Nacional del Ministerio de Hacienda y Crédito Público, conforme a las disposiciones contenidas en la Ley 38 de 1989 y en las demás normas que la reglamenten, modifiquen o sustituyan.
Este presupuesto será sufragado por la Empresa Colombiana de Petróleos -Ecopetrol-, por la Empresa Colombiana de Carbón -Ecocarbón-, Financiera Energética Nacional -FEN- e Interconexión Eléctrica S.A. -ISA- por partes iguales. Estas entidades quedan facultadas para apropiar de sus respectivos presupuestos las partidas correspondientes.