El Consejo Nacional de Policía Judicial tiene las siguientes funciones:
Con base en la política diseñada por el Estado, analizar las necesidades globales de recursos humanos, técnicos, físicos y financieros requeridos para una eficaz y eficiente investigación e identificación de los responsables de los delitos, y establecer los compromisos que en este sentido deberán asumir las distintas entidades que lo conforman.
Analizar periódicamente el desarrollo de las estrategias trazadas para las distintas entidades con funciones de Policía Judicial para solucionar los problemas de coordinación que puedan surgir entre ellas.
Asesorar a la Fiscalía General de la Nación en el establecimiento de normas, sistemas, métodos y procedimientos que deberán seguir las distintas entidades con funciones de Policía Judicial para el desarrollo de sus objetivos.
Asesorar al Fiscal General de la Nación en la definición de competencias y responsabilidades asignadas a las diferentes entidades que conforman el Consejo Nacional de Policía Judicial, buscando el aprovechamiento de las ventajas comparativas que cada entidad tenga y la eliminación de las duplicidades y vacíos del sistema considerado como un todo.
Reglamentar un Registro Nacional Unico de todos los asuntos que a diario conozcan los Organismos que cumplan funciones de Policía Judicial el cual se llevará en la Fiscalía General de la Nación.