Los afiliados al Régimen Subsidiado podrán permanecer en este cuando obtengan un contrato de trabajo y pasen a estar vinculados laboralmente. En estos casos, los empleadores o los afiliados pagarán los aportes que debería pagar en el Régimen Contributivo a la misma Entidad Promotora de Salud y será compensado mensualmente a la subcuenta de solidaridad del Fondo de Solidaridad y Garantía (Fosyga). En este evento, el afiliado tendrá derecho a prestaciones económicas.
Cuando un trabajador temporal o jornalero, cuya asignación mensual no alcance a un salario mínimo legal mensual vigente, no desee ser desvinculado del Régimen Subsidiado en razón de su relación laboral, el patrono deberá aportar al Régimen Subsidiado el equivalente al valor que en proporción al pago que por el trabajador debería aportar al Régimen Contributivo. En este caso no se tendrá derecho a prestaciones económicas.
En caso que el empleador no cumpla con la obligación de pagar la cotización, al concluir la relación laboral el empleador deberá pagar los aportes que adeude al Sistema General de Seguridad Social en Salud.