Artículo octavo. La Junta Directiva estará integrada por los siguientes miembros: El Ministro de Salud Pública o el Vice Ministro quien lo presidirá. El Director General de Investigaciones del Ministerio de Salud Pública. El Director General de Epidemiología del Ministerio de Salud Pública. El Director General de Saneamiento Ambiental del Ministerio de Salud Publica. Un Representante del Departamento Nacional de Planeación. Un Representante de las Asociaciones Científicas vinculadas a la salud, con título de doctor en medicina, designado por el Ministerio de Salud Pública para un período no mayor de dos (2) años de ternas presentadas por la Asociación Colombiana de Universidades y por la Academia Nacional de Medicina
El Director del Instituto forma parte de la Junta Directiva, con derecho a voz pero no a voto.