La estructura del Ministerio de Justicia es la siguiente:
1. Despacho del Ministro
2. Despacho del Viceministro
2.1 Oficina de Investigaciones Socio-Jurídicas y de Prevención del Delito
2.2 Oficina de Estupefacientes
2.3 División de Comisarías Nacionales de Policía
2.3.1 Comisarías Nacionales de Policía
3. Despacho del Secretario General
3.1 Oficina Jurídica
3.2 Oficina de Planeación.
3.3 División de Personal
3.4 División Administrativa
4. Dirección General de Prisiones.
4.1 División de Inspección
4.2 División Legal
4.3 División de Rehabilitación
4.4 División de Seguridad y Control
4.5 Escuela penitenciaria
4.6 Establecimientos de detención, Penas y Medidas de Seguridad
5. División de Medicina Legal
5.1 Instituto de Medicina Legal de Bogotá
5.2 Institutos Seccionales de Medicina Legal
6. División de Asistencia a la Rama Jurisdiccional
7. Organismos Asesores y Coordinadores
7.1 Comisión Nacional para la Prevención de la Delincuencia.
8. Organismos Adscritos
8.1 Fondo rotatorio
8.2 Fondo Nacional de Notariado
8.3 Superintendencia de Notariado y Registro